Санкт-Петербург
В январе 2009 года в Санкт-Петербурге был расстрелян сотрудник Следственного комитета (СКП) Дмитрий Марининов, который официально числился стажером по должности старшего референта Главного управления собственной безопасности СКП. В связи с этим в Петербург срочно прибыл лично Бастрыкин и сделал много громких заявлений, в том числе торжественно поклялся, что «планам бандитов не суждено сбыться, а убийцы обязательно будут найдены». Однако убитый оказался причастен к преступным группировкам, а дело засекретили.
В декабре 2009 года депутат Госдумы Борис Резник в статье в газете Известия обвинил Бастрыкина в укрывательстве преступлений, совершенных его подчиненным, руководителем следственного управления СКП РФ по Хабаровскому краю генералом Геннадием Фатеевым, который, по словам Резника, давно находился на службе и содержании у воров в законе. Фатеев в октябре 2010 года был уволен с формулировкой «за нарушение присяги».
Доходы от негосударственной деятельности, использование родственных связей. Александр Хинштейн утверждал, что Бастрыкин с женой учредил в Праге общество с ограниченной ответственностью «LAW Bohemia» по операциям с недвижимостью. Бастрыкин отвергал утверждения Хинштейна. Хинштейн сомневался в правомерности получения «внушительных» гонораров за чтение Бастрыкиным лекций в Северо-Западном филиале Российской правовой академии Минюста, ректором которой работала его бывшая жена.