В октябре 2011 года, после смерти бывшего вице-президента компании ЮКОС Василия Алексаняна, имя Бастрыкина вошло в так называемый «список Алексаняна», то есть в список тех должностных лиц, которые были причастны к преследованию Василия Алексаняна.

Узнав о смерти бывшего вице-президента «ЮКОСа», журналисты «Новой газеты» составили список госслужащих, участвовавших в преследовании Василия Алексаняна.

В этом списке – 31 человек, и возглавляет его Александр Бастрыкин, руководитель Следственного комитета при прокуратуре, который контролировал расследования по «делам ЮКОСа», включая дела Ходорковского и Лебедева, Алексаняна, Бахминой, Вальдес-Гарсия и других, осуществлял непосредственное руководство подчинёнными следователями.

Список Алексаняна включает в себя первого замгенпрокурора Юрия Бирюкова, также руководившего следственными группами, бывший глава ФСИН Юрий Калинин и председатель Мосгорсуда Ольга Егорова, под влиянием которой московские суды заключали под стражу, замгенпрокурора Виктор Гринь, который настаивал на аресте тяжело больного Алексаняна.